Amnissos liegt 7 km östlich von Heraklion, am Fuss des Palaiochora Hügels. Es gab eine kleine minoische Stadt in der Umgebung und in der Nähe befindet sich die Eileithyia Höhle, die seit neolitischer Zeit als Kulthöhle genutzt wurde. Nach Homer soll es sich um die Geburtsstätte der Hera handeln. Amnissos erscheint als a-mi-ni-so auf Tafeln der Linear B Schrift.
Die Villa, die von Spyridon Marinatos (in den Jahren von 1928-1939) ausgegraben wurde, ist unter dem Namen “Haus der Lilien” bekannt geworden, da die Wände im Obergeschoß mit Fresken von roten und weißen Lilien ausgeschmückt waren. Während der Zerstörung fielen diese Fragmente vom Obergeschoß herunter. Unter den anderen dargestellten Pflanzen waren Minze, Iris und Papyrus.
Die Villa verfügte über 10 Räume und 2 Geschosse, ebenso über einen gepflasterten Hof, weiters gab es einen Saal mit polythyra, eine Küche, ein Badezimmer und einen Schrein.
Wahrscheinlich wurde sie am Anfang von SMIA erbaut, es sind 2 Bauphasen nachweisbar. Die endgültige Zerstörung scheint innerhalb der SMIA Periode (1550–1500 v. Chr.) zu datieren:
Die erste Bauphase wurde durch ein Erdbeben beendet, das die Wiedererrichtung nötig machte. Dabei wurde Kies anstatt des original Quader-Mauerwerks eingesetzt. Auch deutet einiges daraufhin, dass es Änderungen in der Nutzung der Räume gegeben hat. Das “Lustral Basin” schien in dieser Zeit keine Funktion mehr gehabt zu haben. Fast nichts wurde hier während der Ausgrabung gefunden.